膜蛋白穿膜區位於脂質雙分子層內部，需要疏水性胺基酸來與脂肪酸側鏈相互作用，而帶電或極性胺基酸因親水性強而難以存在於此區域。 **A. 組胺酸**：含咪唑環，可帶正電或中性，具有一定的疏水性，可出現在穿膜區，特別是在跨膜蛋白的邊界區域。 **B. 谷胺酸**：帶負電荷的酸性胺基酸，高度親水，難以與脂質雙分子層相容，最不容易出現在膜蛋白穿膜區。其側鏈的羧基傾向於溶於水溶液中，無法穿過疏水環境。 **C. 色胺酸**：具有大型疏水的吲哚環，親脂性強，常出現在穿膜區與膜表面的邊界，有助於錨定蛋白在膜上。 **D. 丙胺酸**：非極性、疏水的小分子胺基酸，是穿膜區最常見的胺基酸之一，經常組成α螺旋結構。